در مراجعت از تبوک بود که رسول عزیز اسلام دستور داد تا مسجد ضرار را خراب کردند و آتش زدند و آنرا جایگاه خاکروبه و خاشاک کردند. مسجد ضرار را منافقین در مقابل مسجد قبا ساختند که در مقابل پیغمبر ابوعامر فاسق را بیاورند و پیش نماز آن نمایند. وقتیکه خدای علیم آیه ی (231) سوره ی بقرء را که اول آن اینست:
و الذین اتخذوا مسجدا ضراراً. الی آخره.
فروفرستاد رسول الله این دستور را درباره ی آن مسجد صادر فرمود
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
